可进行综合分析。装上波长色散x射线谱仪（wdx）或能量色散x射线谱仪（edx），使具有电子探针的功能，也能检测样品发出的反射电子、x射线、阴极荧光、透射电子、俄歇电子等。把扫描电镜扩大应用到各种显微的和微区的分析方式，显示出了扫描电镜的多功能。另外，还可以在观察形貌图象的同时，对样品任选微区进行分析；装上半导体试样座附件，通过电动势象放大器可以直接观察晶体管或集成电路中的pn结和微观缺陷。由于不少扫描电镜电子探针实现了电子计算机自动和半自动控制，因而---提高了定量分析的速度。
观察生物试样。因电子照射而发生试样的损伤和污染程度很小。同其他方式的电子显微镜比较，花粉透射电镜技术服务，因为观察时所用的电子探针电流小（一般约为10- 10～10- 12a）电子探针的束斑尺寸小（通常是5 nm到几十纳米），电子探针的能量也比较小（加速电压可以小到2 kv），而且不是固定一点照射试样，而是以光栅状扫描方式照射试样，因此，由于电子照射而发生试样的损伤和污染程度很小，这一点对观察一些生物试样---重要。
阴极 阴极是产生自由电子的，一般有直热式和旁热式2种，旁热式阴极是将加热体和阴极分离，各自保持独立。在电镜中通常由加热灯丝（filament）兼做阴极称为直热式阴极，材料多用金属钨丝制成，其特点是成本低，但亮度低，寿命也较短。灯丝的直径约为0.10～0.12mm，当几安培的加热电流流过时，即可开始发射出自由电子，不过灯丝周围必须保持高度真空，否则就象漏气灯泡一样，加热的灯丝会在倾刻间被氧化烧毁。灯丝的形状常采用的是发叉式，也有采用箭斧式或点状式的，后 2种灯丝发光亮度高，光束尖细集中，适用于高分辨率电镜照片的拍摄，但使用寿命更短。
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