聚光镜处在电子的下方，一般由2～3级组成，从上至下依次称为、第2聚光镜（以c1 和c2表示）。关于电磁透镜的结构和工作原理已经在上一节中介绍，电镜中设置聚光镜的用途是将电子发射出来的电子束流会聚成亮度均匀且照射范围可调的光斑，投射在下面的样品上。c1和c2的结构相似，但极靴形状和工作电流不同，所以形成的磁场强度和用也不相同。c1为强磁场透镜，c2为弱磁场透镜，各级聚光镜组合在一起使用，可以调节照明束斑的直径大小，从而改变了照明亮度的强弱，在电镜---面板上一般都设有对应的调节旋扭。
样品室处在聚光镜之下，内有载放样品的样品台。样品台必须能做水平面上x、y方向的移动，以选择、移动观察视野，相对应地配备了2个---杆或者旋转手轮，这是一个精密的调节机构，每一个---杆旋转10圈时，样品台才能沿着某个方向移动3mm左右。现代电镜可配有由计算机控制的马达驱动的样品台，力求样品在移动时，固定时稳定；并能由计算机对样品做出标签式定位标记，以便使用者在需要做回顾性对照时依靠计算---查找，这是在手动选区操作中很难实现的。
从试样表面形貌获得多方面资料。在扫描电子显微镜中，不仅可以利用入射电子和试样相互作用产生各种信息来成象，而且可以通过信号处理方法，获得多种图象的特殊显示方法，植物组织电镜测试服务，还可以从试样的表面形貌获得多方面资料。因为扫描电子象不是同时记录的，它是分解为近百万个逐次依此记录构成的，因而使得扫描电子显微镜除了观察表面形貌外，还能进行成分和元素的分析，以及通过电子通道花样进行结晶学分析，选区尺寸可以从10μm到2μm。
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